La subcuenca del río Apatlaco, cubre una superficie aproximada de 809 km². Se localiza en la región noroeste del estado de Morelos y presenta límites naturales bien definidos: al norte colinda con las Lagunas de Zempoala y la serranía de Zempoala y Huitzilac; al sur limita con la subcuenca del río Yautepec; al este con la sierra de Tepoztlán–Tlaltizapán; al oeste con el río Tembembe, así como con las lagunas de El Rodeo y Coatetelco; y al suroeste con la cuenca del lago de Tequesquitengo.
En cuanto a su extensión territorial, de los 809 km² totales, 660 km² corresponden al estado de Morelos. La subcuenca abarca los municipios de Huitzilac, Cuernavaca, Emiliano Zapata, Jiutepec, Temixco, Xochitepec, Tlaltizapán de Zapata, Zacatepec de Hidalgo, Jojutla de Juárez y Xoxocotla.
Se caracteriza por un relieve accidentado, especialmente en su porción norte, donde el paisaje está definido por una serie de barrancas que alimentan al cauce principal.
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En esta cuenca se concentra la mayor proporción de la población del estado de Morelos, además de un gran número de actividades agrícolas, industriales y turísticas. La Zona Metropolitana de Cuernavaca (ZMC) concentra y genera una predominancia urbana que, históricamente, ha modificado el territorio mediante un proceso de crecimiento urbano continuo, con impactos directos en la dinámica ambiental y ecológica de la cuenca del río Apatlaco. La población realmente rural dentro de la cuenca es reducida y se estima en alrededor del 1.5%, mientras que el resto corresponde a asentamientos urbanos, principalmente concentrados en la zona conurbada de Cuernavaca. Las actividades económicas presentes en la subcuenca incluyen la agricultura, la ganadería, el comercio, las actividades turísticas y las actividades industriales. Un hecho relevante en la historia reciente de la cuenca fue la instauración, en la década de 1960, de la Ciudad Industrial del Valle de Cuernavaca (CIVAC) en el municipio de Jiutepec, creada como un polo de atracción para actividades industriales, lo cual ha tenido repercusiones negativas en la conservación ambiental de la cuenca.
En la subcuenca del río Apatlaco se localizan diversas comunidades indígenas, principalmente de origen nahua y tlahuica, distribuidas en distintos municipios:
La subcuenca del río Apatlaco alberga una amplia diversidad biológica, resultado de la heterogeneidad de ecosistemas presentes.
Entre las especies vegetales registradas se encuentran: copal (Bursera copallifera), guamúchil (Pithecellobium dulce), guaje (Leucaena leucocephala), tecomate (Crescentia cujete), cuatecomate (Crescentia alata), amate amarillo (Ficus petiolaris), cazahuate (Ipomoea pauciflora), zompantle (Erythrina americana), cuachalalate (Amphipterygium adstringens), bonete (Jacaratia mexicana), parota (Enterolobium cyclocarpum), biznaga (Coryphanta elephantidens), encino (Quercus rugosa), abeto u oyamel (Abies religiosa), guaje colorado o rojo (Leucaena esculenta), ocote (Pinus montezumae), cacaloxúchitl (Plumeria rubra), clavellino (Pseudobombax ellipticum), guayaba (Psidium guajava), ciruela (Spondias purpurea) y pitaya (Stenocereus stellatus)..
La subcuenca del río Apatlaco enfrenta múltiples problemáticas ambientales, entre las que destacan la generación de calor por procesos industriales, calentamiento doméstico y vehículos de motor, la reducción de la evapotranspiración debido a la deforestación, la disminución de la humedad relativa por la eliminación acelerada del agua de lluvia en áreas pavimentadas y la pérdida de vegetación nativa y maderable por incendios forestales.
Asimismo, se presenta deforestación y fragmentación del bosque derivado de la tala inmoderada y clandestina, un incremento en la demanda hídrica por la alta concentración de población, contaminación ambiental, deterioro y devastación de recursos naturales como consecuencia del crecimiento urbano desordenado y la ausencia de un programa de ordenamiento ecológico-territorial.
Existen también condiciones de pobreza extrema e insalubridad en zonas rurales marginadas, así como problemas de salud pública, deterioro de la calidad de vida y limitaciones para las actividades agrícolas, derivados de la disposición de aguas residuales sin tratamiento en barrancas y otros cuerpos receptores naturales. Por estas razones, la subcuenca es reconocida como una de las más contaminadas a nivel nacional.
De acuerdo con el II Conteo de Población y Vivienda (2005), la población total del estado de Morelos era de 1,612,899 habitantes, de los cuales se estima que 841,259 se encontraban asentados dentro del área de la cuenca del río Apatlaco
Dentro de la subcuenca se localiza una de las áreas urbanas más importantes, conformada por las ciudades de Cuernavaca, Jiutepec, Temixco, Emiliano Zapata y Xochitepec, que concentran 662, 224 habitantes, lo que representa aproximadamente el 79% de la población total de la cuenca.