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El río Amatzinac, cuenta con una longitud aproximada de 65 km. Coloquialmente es conocido como barranca del Amatzinac, debido a que la mayor parte de sus aguas fluyen encañonadas, por lo cual no pueden ser apreciadas al nivel del suelo. También es conocido como río Muerto, por la falta de corriente en algunas ocasiones y como río Tenango, a la altura de la Hacienda de Santa Ana de Tenango del municipio de Jantetelco.
El río Amatzinac nace en las faldas del volcán Popocatépetl, a una altitud aproximada de 3,900 msnm, a partir del escurrimiento de los deshielos de la nieve y de brotes de manantiales. Atraviesa los municipios de Tetela del Volcán, Zacualpan de Amilpas, Temoac, Jantetelco, Jonacatepec y Axochiapan.
La corriente del río Amatzinac tiene una pendiente de 4.5%, desde su nacimiento hasta la cota 1220 msnm en el sitio de la presa El Abrevadero.
La precipitación promedio anual en la cuenca del río Amatzinac es de 233.82 mm³/año, de los cuales 43.84 mm³/año se infiltran y contribuyen a la recarga del acuífero Valle de Tepalcingo–Axochiapan.
El Amatzinac es el río más importante de la región oriente del estado de Morelos, ya que abastece de agua a los municipios que atraviesa y ha sido históricamente fundamental para el desarrollo social y productivo de la región.
El uso del agua de este río ha sido variado a lo largo de la historia. Durante la época mesoamericana se destinaba para la producción agrícola (maíz, frijol, chía, calabaza, camote y amaranto), explotación forestal para la fabricación de papel amate, cultivo de maguey y producción de flores.
En la época prehispánica, el principal cultivo fue el algodón, junto con el maíz, chile, jitomate, amaranto y una producción considerable de miel.
Por otra parte, durante la época colonial todas las aguas del río Amatzinac se destinaron a un monocultivo, la caña de azúcar.
Sin embargo, durante la época contemporánea, se diversificó nuevamente la producción agrícola: caña, cebolla y arroz en la parte baja de la cuenca; manzana, pera, aguacate, durazno y zarzamora en la parte alta, y el la zona templada cafetales, maíz, sorgo y hortalizas.
Desde el asentamiento de los pueblos mesoamericanos en la región, ya existía una organización social para la distribución del agua del río Amatzinac, la cual era esencial para el desarrollo de las actividades agrícolas. A lo largo del tiempo, los sistemas de gestión y administración del agua han evolucionado hasta llegar a las prácticas actuales.
En la parte alta de la cuenca predominan los bosques de pino, encino y oyamel.
En las zonas media y baja, la flora está conformada por especies de selva baja caducifolia y subperennifolia espinosa, entre las que destacan el guamúchil (Pithecellobium dulce), mezquite (Prosopis juliflora), amate amarillo (Ficus petiolaris), amate negro (Ficus cotinifolia), cuatecomate (Crescentia alata), tabachín mexicano (Caesalphina pulcherrima), cazahuate blanco (Ipomea murucoides), ceiba o pochote (Ceiba petandra), copal (Bursera copallifera) y guaje (Leucaena leucocephala).
El potencial para almacenar agua en la cuenca del Amatzinac es reducido, debido a las limitaciones topográficas para la construcción de grandes embalses, comparado con la gran demanda social y el bajo grado de desarrollo tecnológico en la aplicación del agua, dan como resultado una baja disponibilidad del agua.
A pesar de que el volumen de lluvia, los deshielos y los afloramientos de manantiales serían suficientes para mantener un escurrimiento perenne, actualmente el río Amatzinac se encuentra completamente seco al inicio de la parte baja de la cuenca, en la localidad de Tlacotepec. Esta situación ha obligado a las comunidades aguas abajo a construir bordos para el almacenamiento del agua de lluvia, con el fin de satisfacer sus actividades productivas y domésticas.
Entre los principales puntos de referencia espacial de la subcuenca se encuentran: